Mikromacierze

ANALIZA EKSPRESJI GENÓW METODĄ MIKROMACIERZY DNA

24 – 26 listopada 2008

Zakład Kancerogenezy Molekularnej Uniwersytetu Medycznego w Łodzi, ul. Mazowiecka 6/7.

Mikromacierze są obecnie jedną z najbardziej zaawansowanych metod badania ekspresji genów, genotypowania oraz wiązania białek z DNA. Obecnie na jednej macierzy możliwe jest umieszczenie sond do wszystkich znanych genów w badanym organizmie lub do pół miliona sond do badania SNP. Podczas kursu będą mogli Państwo wykonać syntezę cDNA i jego znakowanie, przeprowadzić hybrydyzacja i płukanie mikromacierzy, skanowanie a następnie normalizację i wstępną analizę klastrową.

WYKŁADY

Podstawy analizy ekspresji genów techniką mikromacierzy

Mikromacierze DNA – sondy i substraty

Mikromacierze DNA – znakowanie i hybrydyzacja

Mikromacierze DNA – skanowanie i analiza wstępna

ĆWICZENIA

Znakowanie DNA do mikromacierzy cDNA.

· Odwrotna transkrypcja

· Oczyszczanie jednoniciowego cDNA

· Reakcja sprzęgania barwników fluorescencyjnych z cDNA

· Oczyszczenie wyznakowanego fluorescencyjnie

Prehybrydyzacja mikromacierzy

Hybrydyzacja mikromacierzy

Odmywanie pohybrydyzacyjne

Skanowanie mikromacierzy

Wstępna obróbka danych - demo

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

MIKROMACIERZE – ANALIZA WYNIKÓW

Kurs zostanie powtórzony w 2009 r

Wydział Nauk Medycznych i Kształcenia Podyplomowego, Uniwersytet Medyczny w Łodzi

ul. Mazowiecka 6/8

Tematyka wykładów pozwoli uczestnikom warsztatów usystematyzować wiedzę dotyczącą techniki mikromacierzy DNA oraz aparatury do ich druku, hybrydyzacji i skanowania oraz programów do analizy wyników. Podczas warsztatów uczestnicy zapoznają się praktycznie z normalizacją danych, wyodrębniania genów o zwiększonej i zmniejszonej ekspresji, analizą klastrową oraz przygotowaniaem danych do deponowania w publicznych bazach danych, a także integracji z wynikami genomicznych i bioinformatycznych analiz.

TEMATYKA WYKŁADÓW

Mikromacierze DNA - analiza ekspresji, genotypowanie, interakcja DNA-białko

Mikromacierze DNA – sondy, znakowanie i hybrydyzacja

Mikromacierze DNA – skanowanie i analiza wstępna

Analiza klastrowa

Mikromacierze – odczynniki, sprzęt, programy

MIAME i deponowanie wyników analizy w publicznych bazach danych

TEMATYKA ĆWICZEŃ

Densytometria i analiza obrazu mikromacierzy

Normalizacja danych

Praca z programami pakietu TM4

Praca z programem LIMMA